重庆大学附属肿瘤医院副研究员
学习经历
2006/09 - 2013/03东南大学硕博连读遗传学博士
1999/09 - 2003/07中国药科大学，生物工程专业，学士
工作经历
2015/12 – 至今重庆大学附属肿瘤医院副研究员
2014/05 – 2015/12重庆市人口与计划生育科学技术研究院助理研究员
2011/02 – 2014/04欧洲分子生物学实验室（EMBL，德国海德堡）访问科学家
2003/07 - 2006/08南京汤泉洋兰有限公司，兰科植物组织培养与育种室技术员
研究方向
熟悉和掌握高通量测序数据、大规模基因-临床数据分析，包括：R语言和Bioconductor编程和应用、Linux编程、ChIP-Seq、转录组、单细胞转录组、基因突变分析等。主要的工作包括大规模基因数据和临床表现挖掘、二代测序技术对癌症相关基因进行高通量靶向检测panel开发应用、遗传病相关基因检测panel的研发和应用、ctDNA甲基化检测技术开发以及生物信息学新的算法、分析流程开发等。发表SCI论文10篇，申请和获得授权国家发明专利3项。近期的研究领域为：（1）基于大规模基因组数据和临床表型数据的分析和挖掘；（2）创新技术的开发与应用，在多层次肿瘤组学（DNA、甲基化、表达、miRNA和蛋白质水平）的手段研究分子表型与临床表型之间的关系；（3）采用CRISPR-Cas9全基因组基因编辑等技术寻找放射治疗、药物敏感或抗拒基因以及作用机制研究；（4）单细胞测序技术开发和应用。
教学课程
成果：选取有代表性的
1、研究论文
（1）Analysis of variants in Chinese individuals with primary open-angle glaucoma using molecular inversion probe (MIP)-based panel sequencing, Molecular Vision 2020; 26:378-391.（通讯作者）
（2）A fusion method based on alignment software with SNP and Indel detection methods. Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening, 2022; 25(3):519 - 527（共同第一作者）
（3）Global analysis of in vivo EGR1-binding sites in erythroleukemia cell using ChIP-sequencing. Electrophoresis, 2010, 31, 2936–2943.（第一作者）
（4）Gene Position Index Mutation Detection Algorithm Based on Feedback Fast Learning Neural Network,Comput Intell Neurosci.;2021 Jul 6;2021:1716182（共同第一作者）
（5）Sequence Fusion Algorithm of Tumor Gene Sequencing and Alignment Based on Machine Learning; Comput Intell Neurosci.2021 Dec 31;2021:9444194（第一作者）
（6）DNA sequencing by synthesis with degenerate primers. Journal of Genetics and Genomics, 2008, 35(9): 545-551.（第一作者）
2、专利
（1）核酸靶序列捕获测序文库的制备方法，中国发明专利，201610185978.9（授权）
（2）基于长链分子倒置探针的核酸靶向捕获测序文库制备方法，中国发明专利，ZL2018101689912（授权）
3、项目
（1）CTCFL通过DNA甲基化促进EMT过程增强肿瘤细胞放疗抵抗的机制研究，重庆市自然科学基金，负责人
（2）基于高通量靶向测序的血浆miRNA检测技术研发及肺癌早期诊断模型建立, 2020年-2022年；重庆市科技局；第一参与人
(3)多层次分子检测模型辅助诊断肺小结节恶性程度研究,2018-2021年，重庆市科技局；参与人
（4）肿瘤ctDNA panel研发，横向课题，共同负责人
