根据“秉承传统优势，加强突破创新”的原则，重庆大学能源动力工程学科“十一五”期间的重点研究方向有如下两大方向（含6个方面）。

1）工程热物理基础及新能源
在“十五”期间，本方向团队承担了国家自然科学基金重点项目1项、面上项目2项，国家攻关项目2项，省部级项目3项。1人入选教育部新世纪优秀人才支持计划，2人入选重庆市首批学术技术带头人后备人选。在“十一五”期间，本方向及团队拟进行以下重点研究：
① 可再生与替代能源的基础及应用研究 包括环境和能源生物技术中的热物理问题研究；碳氢燃料新型能源化基础理论与关键技术；氢能利用与燃料电池技术；生物质能利用及基础研究；可再生与替代能源系统理论与应用研究；车用新型燃料理化特性研究及开发。
② 界面现象和相变机理及强化传热工程应用 包括凝结与沸腾等相变换热中的界面现象及微观传输机理；复杂结构与复杂反应体系中的多相流动与传输现象；微传热现象及机理研究；强化传热传质及工程应用。应用于深空探测热控制的两相回路主动热控制技术 。液固界面接触动力学及材料表面改性对液固界面的作用.
③ 复杂流体性质及工程应用 包括复杂流体热行为研究及应用；能源材料备制中的热物理问题；微小尺度下的界面现象及热毛细对流，大型工业生长炉单晶材料各种不稳定性产生的物理机制及其控制方法，微孔超轻导热材料生产的热控制及传热机理。

2）先进能源动力系统及新技术
在“十五”期间，本方向完成了包括国家自然科学基金项目及国家863攻关项目在内的国家项目10项，包括重点基金3项在内的重庆市科技计划项目12项。1人入选重庆市首批学术技术带头人，2人入选重庆市首批学术技术带头人后备人选。在“十一五”期间，本方向及团队拟进行以下重点研究：
① 能源动力系统仿真与控制新理论及新技术 包括复杂和新型热动力系统的建模理论与方法；多尺度分布式精细热动力设备模型的建模理论与方法；热动力系统先进测试方法、故障诊断系统及状态检修技术研究；热力系统逆动力学关键问题研究；新型燃料动力系统仿真研究。
② 化石燃料清洁高效利用及可再生能源开发 包括煤层气及低热值化石燃料洁净燃烧理论与高效利用技术；生物质高效气化与利用关键技术；废弃物综合处理与能源化；车用新型燃料研究.
③ 先进制冷系统及系统关键技术 冷风射流机研制及其在机加工中的应用；冷热电联产技术中的低品位热能利用、新型制冷工质的制备及综合利用技术研究；制冷空调系统的仿真优化控制。